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営農組合から農事組合法人へ農業機械を売却する等の仕訳をしていったときに現金が不足してしまい、簿価上出資金が減少してしまいます。この不足分については法人から営農組合に対し減価償却割で借入金とは別に営農組合へ返済する形をとりたいが可能ですか（営農組合への返済金と減価償却の差額は農事組合法人の増資とする予定）。
営農組合が農事組合法人に譲渡した機械の売買代金のうち、債務引継をした金額の残額など売買代金の一部が未収入金（未収金）として残る場合、法人が新たに資金を調達して弁済することで早期に清算することが望ましいのですが、ご質問の場合のように新たな資金調達をしないで減価償却費相当額の範囲で分割して弁済することも可能です。しかしながら、この場合、弁済が完了するまで営農組合を解散することができません。
営農組合を早期に解散をするには、法人で資金調達をして売買代金を弁済したうえで現金を構成員に分配することが一般的ですが、それが難しい場合には、農事組合法人に対する未収入金を現物財産として構成員に分配する方法が考えられます。具体的には、任意組合において未収入金の金額を損益分配割合（持分割合等）によって構成員ごとの金額を確定する一方で、農事組合法人において任意組合に対する未払金を任意組合の各構成員個人への未払金に振り替えます。そのうえで、これらの未払金を当面の間、支払わないこととする場合には、未払金から（組合員）長期預り金に振り替えます。なお、任意組合の構成員が農事組合法人の組合員になる場合には、これを資本金に振り替える方法もあります。
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